Декабрь, 1961 год. Непримечательное объявление о работе: «Требуются выпускники медицинских вузов для государственной программы». Вы откликнулись на вакансию и только что получили письмо о том, что вас отобрали на службу. Как оказалось, под «государственной программой» имеется в виду ЦРУ. Они уверены, что легче обучить медиков агентурной работе, чем наоборот, и вас в скором времени отправляют на тренировки в «Лагерь Свомпи». Тем временем, в Советском Союзе группа исследователей создаёт биологическое оружие для сокрушения Запада и окончания Холодной войны. Провалив проект по созданию вируса C0dA, они совершили прорыв в создании другого патогена, который назвали «МЕДУЗА». Ваше обучение завершено, пора приступать к работе.

Сюжет игры является художественным вымыслом, действия которого привязаны к конкретному историческому периоду. Все имена, персонажи, места и события являются вымыслом разработчиков или использованы для художественного повествования. Любые совпадения с реальными людьми, живыми или мертвыми, или с событиями являются случайными. Игровое поле является абстрактным представлением мира в 1962 году. В первую очередь, это игра, и некоторые допущения были сделаны для обеспечения интересного игрового процесса.

Идёт 1962 год. Холодная война продолжается. Вы и ваши коллеги-медики были призваны в ЦРУ для выполнения важной миссии по расследованию и предотвращению развития пандемии. Используйте тщательно подобранные псевдонимы и паспорта, чтобы быстро перемещаться между различными странами и городами. Ваши миссии потребуют от вас устранения оперативников, захвата конкретных целей и привлечения других агентов ЦРУ на месте для успешного выполнения задания. Но борьба с опасным новым патогеном — не единственная угроза с которой вы столкнетесь в процессе игры, у вас будут и другие задачи. Координируйте свои действия с другими игроками для получения взаимной помощи и спасите мир!

Механика наследия. В отличие от многих игр, где каждая новая партия начинается «с нуля», «Пандемия. Наследие» переносит некоторые элементы от одной игровой партии к другой. Принятые в вашей первой игре решения скажутся на вашей второй игре, третьей и каждой последующей партии с вашим игровым комплектом. Разные команды игроков будут принимать разные решения и накапливать совершенно разный опыт. Таким образом, игра будет уникальной для каждой группы людей.